Il Dipartimento ha il compito di raccogliere e gestire i dati per la difesa delle acque dall’inquinamento ai sensi del D.Lgs. 152/99 e successivi D.M. attuativi e del D.Lgs. 152/06; inoltre, ha mantenuto i compiti dell’ex-Servizio Idrografico e Mareografico Nazionale in ordine alla raccolta e gestione dei dati idrologici a scala nazionale (temperatura, precipitazione, livelli idrici dei fiumi, portate). Il Dipartimento, al momento della sua fondazione nel 2002, il patrimonio informativo del Servizio Idrografico e Mareografico Nazionale, costituitosi in quasi cento anni di attività di studio e di monitoraggio dei parametri idrologici.

Il Servizio Idrografico e Mareografico Nazionale ha organizzato e gestito, nella sua storia, la principale rete di monitoraggio delle precipitazioni, delle temperature, delle portate e dei livelli idrometrici dei corsi d'acqua e dei laghi. Tale rete di monitoraggio è costituita da circa 8000 stazioni di misura dislocate sul territorio in base a criteri idrografici.

Il Dipartimento ha raccolto e sistematizzato il patrimonio informativo del Servizio Idrografico e Mareografico Nazionale.